因果关系在《成唯识论》讲出一个譬如说：因果跟阿赖耶识什么关系？《成唯识论》说，阿赖耶识像一个大海，那么阿赖耶识当然还是很多因地种子，这个种子就是大海里面的水，水很多，有干净的水，有染污的水，那么身为因地，当然因缘成熟了就变现果报。这个果报就是大海上面的波浪，那么这整个都在阿赖耶识的范围当中，大海是一个总相，它含摄海水，一方面显现波浪，显现波浪又含摄海水。我们从大海跟它的水跟波浪之间相互关系，我们就知道阿赖耶识跟种子跟果报的相互关系，这个就是讲到种子跟第八识跟它的现行果法的一个体用因果关系，做一个总说，那么这段是讲到种子的体性，第二段看种子的生因：
（二）种子生因
为什么会有这个种子？这种子是什么来的？是不是上帝送给我的呢？那么在本论当中有两个说法，
一、本有。谓无始来，异熟识中，法尔而有生蕴处界，功能差别，名“本性住种”。
二、新熏。谓无始来，数数现行，熏习而有，名“习所成种”。
这个种子的生起有两个因素，第一个，当你有生命的时候，你就有了，本性住种，你不必造作就有产生十法界的功能的种子，众生本具的；第二个是后天的熏习，所谓的习所成种，后天的努力，把它这个功能加强。那么这样子本有和新熏，所谓本性住种跟习所成种在《成唯识论》的十大论师当中有三种的看法：
第一、净月论师等——唯立本有
说这个种子只有本有，当然这样说法是很勉强了，因为这样子忽略了众生后天的努力了，说你这个人是一个二乘的种性，你永远是二乘，不管你怎么修行，因为种子只有本有，这个本有的种子来决定你的生命，那么净月论师这个说法就不被接受了。
第二、难陀论师等——唯立新熏
所有的种子都是后天熏习的，那么这样子有一个问题，护法论师提出这个问题说，假设没有本性住种，我们不能解释一个人为什么会成就圣道，没办法解释为什么？
护法论师说：圣道的智慧是无漏的智慧。我们凡夫在资粮位，加行位的时候，是带的有漏的心识来修空观，就是你修空观，但是你用有漏的心识修空观，所谓带相观空。所以你因地的时候都是有漏，那么你不能够解释，你成就圣道的第一道光明是怎么出现，有漏的因地不能产生无漏的果报，不可能，那么这样子凡夫永远不可能从有漏转成无漏，因为我们因地的时候都是有漏，所以一定要有本性住种，我们本来就有成就圣道的可能性，假借这些随顺无漏的造作，把它启发起来。所以唯立新熏也不完全对。
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