进入正文后，羽生秀树没有采用宝可梦历史上第一版漫画的内容，而是直接使用宝可梦系列动画第一部的故事。
宝可梦世界，关都地区真新镇的新手宝可梦训练家，刚刚年满十岁的小树，由于迟到没有得到梦寐以求的小火龙、妙蛙种子与杰尼龟其中之一，因此大木博士交给他一只不愿进入精灵球的调皮小精灵皮卡丘。
以成为宝可梦大师作为目标，小树与皮卡丘开始了他们的旅行……
虽然整体故事依旧延续首部动画内容，但羽生秀树在进行文字化的处理时，还是进行了一定的改编。
比如主角的名字，后世之所以叫小智，那时因为创作者田尻智以他的名字命名的，羽生秀树自然不可能照搬，索性直接改成了他的名字。
还有就是在世界观的架设上，他直接在书中，详细的描绘出了后世成熟的宝可梦世界观，为以后继续创作打下了坚实的框架。
后世，宝可梦最为让人诟病的就是动画组和游戏组的各种撕逼了，一部分原因是没人能预料到这个IP能火爆到那种程度。
因此不管是漫画，tv动画版，剧场版，游戏等各种版本，很多都由不同编剧创作。
各个版本之间完全没有统一规划。
另外的原因则是，田尻智，杉森建等人创立的GameFreak游戏会社，作为宝可梦的创作者，一开始还能掌控全局。
可当任天堂看出宝可梦的“钱途无量”后，便以拉入更多合作方的手段，分散宝可梦的控制权。
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