后世对他正面评价是具有爱国思想和报国之志，在中西医学上都有较深造诣，其医学改良思想和倡导医学革命的精神具有一定积极意义。
负面评价则是他一生主张废除中医，表现出强烈的西化思想，其思想和行为剥离国情，落入了民族虚无主义全盘西化的怪圈。
京城四大名医施今墨之子施小墨，评价他做的废止中医行为：
“是一场建立在无知基础上的闹剧，只有无知的人才会把中医药在华夏几千年文明史上的辉煌一笔抹杀。”
后世《环球人物》则是评价：虽然《废止中医案》最终被取消，但对中医的打击是巨大的。
余云岫对中医基本理论的否定，差不多为当时的舆论界所接受。
从这个意义上讲，余云岫还是达到了一定的目的。
正因如此，20世纪30年代后的一个时期，轻视、歧视、排斥、限制、打击中医的政策和言论不断出现。
而等到二十一世纪，中医们都发现中西医结合有问题的时候，这时候才知道余云岫在三次废除中医失败后的后手，已经在他去世前就埋下了。
这位近代第一中医黑，实至名归。
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