但是在同年，中国教育界先后在长沙、太原召开会议，通过了相关议案，决定将中医纳入学校体制中。
此事报请教育部批准时，余云岫却突然杀出，联合多人上书教育部，坚决抵制。
当时教育部以此为借口，断然拒绝了中医进入大学学科体系的要求。
中医界多年努力功亏一篑，此后中西医界之关系迅速恶化，两大阵营间水火之势渐成。
真正让他为众人所熟知的，是在几年后的一次会议上。
民国十八年召开第一届中央卫生委员会会议，在会议前，余云岫就起草了《废止旧医以扫除卫生事业障碍案》。
余云岫对废止中医之理由、原则及具体办法作了明确规定，他认为中医在卫生行政上毫无地位，应当立即废止。
其举出四条废止的理由，这四条理由余氏之结论为：“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展。”
大会上当时在场讨论了这一议题，除医学外行次长和两个参事抱有怀疑态度外，其余人员更是满场一致通过。
值得一提的是，此次会议上没有一个中医人士参加。
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