毕业回国后，1916年他在沪上开设诊所，开始采用中西结合的方式为病人治病，在实践中，逐渐发现两种医学体系，结合起来相当困难。
一年之后，也就是1917年的时候，余云岫出版了著名的中医黑《灵素商兑》一书，在里面以当时西方医学知识为基础，开始对中医经典《黄帝内经》中的诸多专题进行详细的批判。
包括了阴阳五行，五脏六腑，脏腑生理，十二经脉，经脉经络，望闻问切，病原，病变之类。
他提出中医起源巫术，将中医与巫术等量齐观，认为干支时节，色味，经络脏腑等观念纯属幻想，不足以成为精确学术的基础，对医学中的阴阳五行理论进行了深刻的批驳。
并以西方解剖学和生理学的观点，来印证《黄帝内经》里的理论不过是穿凿附会，荒唐无稽，指出这本书不过是门外汉的想象之语。
然后在这本书中第次提出废医存药的观点痛批中医，甚至说出：
“不歼《黄帝内经》，无以绝其祸根”
“中医是杀人的祸首”
“如不消灭中医，不但妨碍民族的繁荣，民生的改良，而且不利于国际地位的迁善。”
言辞激烈，可见其对中医恨之入骨。
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