然而他的命令很快得到了回应，零号机的驾驶员拒绝驾驶，并且零号机的傀儡系统无法对零号机进行操控。
更让碇源堂始料未及的是……
总部金字塔的最下方，最终教条区，随着电梯门在密钥的辅助下打开，绫波丽穿着作战服，独自走了进去，而她面对的，是被钉在十字架之上，体型巨大的莉莉丝。
随着凌波丽来到巨型人体旁边，灵魂中的某种力量似乎开始了与眼前的庞然大物共鸣，虽然是衰弱的被封印的状态，但本体足有四阶高级的力量即便只是泄露出一点，也对凡人世界有着无比强大的影响力。
随着这部分力量开始共鸣，零号机也开始了暴走，插入其中的傀儡系统被零号机强制弹出，随后在天上乱飞的插入栓被零号机，一把抓住，在机体巨大的力量下一把捏碎。
碇真嗣身上出现的意外碇源堂多少能有些预料，毕竟这孩子这一次变得太过坚强。似乎从灵魂本质的层面都变得更加强大了，超出预计也是有可能的。
但绫波丽本应该最听他的话的，这个时候也出意外了就意味着情况已经彻底失控，绫波丽是没有能力抵抗傀儡系统的，也没有能力靠着自己的力量就屏蔽掉基地的电磁信号，保证零号机的独立运转。
因此她并没有选择登上零号机，那样做，不管她想不想，最终都必须要和碇真嗣战斗。而现在的她选择的则是让零号机彻底失控，无法参与到战场之中。
只有EVA才能对抗EVA，虽然这不是一个定律，但基地的防御火力朝着初号机攻击过去，的确没有起到任何作用，六边形的光芒顶在初号机的面前，将所有的攻击都拒绝在外。
在零号机无法启动，二号机的驾驶员被他们亲自坑到昏迷的状况下，眼前似乎已经没有什么能阻止初号机了。
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