元、明在澎湖设巡检司。
明末，郑成功收复宝岛。
前清康熙二十三年，置宝岛府，属福建省。
前清光绪十一年设宝岛省，刘铭传任宝岛首任巡抚。
在台任职期间，刘铭传进行了编练新军，修建铁路等一系列洋务改革；开煤矿，创办电讯，发展航运，促进贸易，发展教育，促进了宝岛近代工商业和防务的进步。
甲午战败，清廷割台，刘铭传悲愤而死。
凶耗传到宝岛，全岛既悲且愤。
“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台”的誓言中，宝岛开始了反抗日军占领之可歌可泣的斗争史。
前清光绪二十一年，日军从基隆之东澳底登陆。
英勇的宝岛人民为保卫祖国领土，用劣势装备抗击日本侵略军近五个月，打死打伤日军三万两千人。
日本最精锐部队侵台主力军近卫师团被歼灭近半，师团长中将能久亲王、旅团长少将山根信成先后重伤毙命。
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